Die Wendelsteinhöhle ist Teil eines ganzen Höhlensystems, welches sich durch das markante Gipfelmassiv des Wendelsteins zieht. In Fachkreisen gilt sie als geologische Sensation, denn ihre  Höhenlage von 1711m, weit über dem heutigen Flussniveau, deutet darauf hin, dass sie noch vor Auffaltung der Alpen entstanden sein muss.